14. března byl palubní počítač vesmírné sondy restartován při aktualizaci programu a při tomto restartu byla do letového softwaru zanesena neplatná data, to způsobilo, že Kepler přešel automaticky do bezpečnostního módu. V tomto stavu namíří sonda své solární panely ke Slunci a začne pomalu rotovat, zajistí tím stálý přísun energie a zabraňuje solárním větrům ve změně kurzu. Při bezpečnostním módu dochází také k vypnutí senzorů pro pozorování exoplanet.
Sonda zůstala v tomto stavu do neděle 20. března, kdy byl znovu obnoven běžný provoz. Po příčině této anomálie budou vědci z NASA nadále pátrat, aby jí mohli do budoucna předcházet.